Viện Môi Trường và Tài Nguyên (IER) là một trong 3 tram đất liền trong hệ thống quan trắc môi trường quốc gia, chịu trách nhiệm thường xuyên quan trắc và theo dõi diễn biến môi trường Thành phố Hồ Chí Minh và các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long (Trạm Vùng III). Nhiệm vụ quan trắc này được Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường giao theo Quyết định số 1211-QĐ/MTg ngày 22/10/1994 của Bộ trưởng Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường.
Bên cạnh đó, Viện Môi Trường và Tài Nguyên còn tham gia thực hiện quan trắc và phân tích chất lượng nước hệ thống sông Sài Gòn – Đồng Nai, chương trình giám sát ô nhiễm do giao thông tại TPHCM.

Đặc biệt trong khuôn khổ Dự án hợp tác Việt Nam – Thụy Sỹ, Viện Môi Trường và Tài Nguyên thực hiện quan trắc ô nhiễm do các chất độc hại trong nước và bùn lắng của hệ thống sông Sài Gòn – Đồng Nai cũng như các chất độc hại trong không khí, xác định nguyên nhân và đề xuất các giải pháp.
Các chỉ tiêu quan trắc chủ yếu:

• Kim loại nặng: Cu, Pb, Zn, Cr, Ni, Cd, Hg
• Thuốc trừ sâu: α-BHC,β-BHC,γ-BHC,δ-BHC, p-p’DDE; p-p’DDD, p-p’DDT
• PCB, PAH (trong cả môi trường nước và không khí)
• Dioxin
• Độc tính

- Nghiên cứu khoa học
- Đào tạo
- Tư vấn khoa học
- Hợp tác quốc tế