Đối ngoại và Hợp tác quốc tế là một nhân tố quan trọng để phát triển năng lực của IER.
Viện đã phát triển các liên kết, hợp tác với nhiều cơ quan, trường đại học và viện nghiên cứu trong nước và các nước trên thế giới nhằm tạo cơ hội hợp tác trong đào tạo cán bộ, trao đổi sinh viên, tăng cường trang thiết bị nhằm phục vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học.

Chương trình hợp tác SDC giữa Viện Môi trường & Tài nguyên và Viện Kỹ thuật Liên bang Thụy Sĩ, Lausanne (EPFL) do Tổ chức hợp tác phát triển Thụy Sỹ (SDC) tài trợ (1996-2004), là một trong các hợp tác quốc tế điển hình nhằm tăng cường năng lực, xây dựng IER trở thành một Viện nòng cốt về nghiên cứu, đào tạo và chuyển giao công nghệ môi trường ở khu vực phía Nam.

Bên cạnh việc giữ vững, đẩy mạnh các mối quan hệ hợp tác quốc tế đã có, Viện luôn cố gắng thiết lập quan hệ quốc tế mới. Sau đây là một số trường đại học và Viện nghiên cứu quốc tế đã và đang hợp tác với Viện MT & TN:

• Đại học Toronto, Ontario, Canađa;
• Đại học nông nghiệp Wageningen, Hà Lan;
• Đại học Osaka, Japan;
• Trung tâm Phân tích Dữ liệu Viễn thám Trái đất (ERSDAC), Nhật bản;
• Viện Công nghệ Châu Á (AIT), Thái Lan.

IER luôn mong muốn được hợp tác với các cơ quan, tổ chức, trung tâm, trường đại học, viện nghiên cứu...trong việc nghiên cứu khoa học, ứng dụng các tiến bộ khoa học công nghệ đào tạo nhân lực góp phần bảo vệ môi trường và phát triển bền vững trong sự nghiệp công nghệp hóa, hiện đại hóa đất nước.