Viện Môi Trường và Tài Nguyên được thành lập theo quyết định số 4641/GD-ĐT do Bộ trưởng Bộ Giáo Dục và Đào Tạo ký ngày 24/10/1996.
Đến năm 2001, Viện Môi Trường và Tài Nguyên trở thành đơn vị thành viên của Đại Học Quốc Gia Thành Phố Hồ Chí Minh theo quyết định số 15/2001/QĐ-TTg ngày 12/2/2001 của Thủ Tướng Chính Phủ về việc tổ chức lại Đại học Quốc Gia TpHCM.
Với vị trí là Viện nghiên cứu thuộc Đại học Quốc Gia TPHCM, nhiệm vụ của Viện Môi trường & Tài nguyên được xác định trong Quyết định của Thủ tướng Chính phủ là: Nghiên cứu – Đào tạo Sau Đại học – Triển khai Chuyển giao Công nghệ trong lĩnh vực môi trường và tài nguyên. Bên cạnh đó, Viện còn được Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường (nay tách ra là Bộ Tài nguyên và Môi trường) giao phụ trách Trạm Quan Trắc Môi Trường Quốc Gia (Trạm đất liền Vùng 3).

Trung Tâm Công Nghệ Môi Trường (CEFINEA) được thành lập từ năm 1989, là thành viên nòng cốt trong quá trình thành lập Viện.

- Vai Trò Nhiệm Vụ
- Tổ Chức
- Tổ Chức Nhân sự
- Cơ Sở Vật Chất